Genomica CAR reader

Målgrupper og anvendelsesområdeDefinitionerFremgangsmådeAnsvar og organiseringReferencer, lovgivning og faglig evidens samt links hertilBilag

Målgrupper og anvendelsesområde
Bioanalytikere, videnskabeligt personale, assistenter og molekylærbiologer.
At sikre korrekt brug af CAR readeren.

Definitioner
CAR readeren er en aflæsnings platform til CLART® teknologien.
CAR'en er produceret og forhandlet af GENOMICA og benyttes til aflæsning af arrays fra kits med CLART teknologien.

Fremgangsmåde
CAR readeren benyttes til aflæsning af arrays fra CLART kits der allerede er visualiseret, enten manuelt eller på en AutoCLART. CAR readeren er en selvstændig enhed.
Opstart af CAR'en:
CAR'en tændes på knappen foran.
På startskærmen findes tre muligheder. "New Analysis" bruges til at starte en ny aflæsning. "History" bruges til fremfinding af tidligere kørsler. "Configuration" bruges til import af nyt software etc.
Opsætning af en aflæsning:
Vælg "New Analysis". Et skærmbillede af en 96 brønds microarray plade vises. Herefter skal assay vælges samt prøve ID'er skal indlæses. Dette kan gøres på to måder:
Manuelt: tryk på X over det antal rækker der skal benyttes. Hvis man ikke bruger alle brønde i en række fravælges de ved at trykke på dem. Herefter vælges det rigtige assay ved at trykke på blyanten der fremkommer i stedet for X. Det korrekte assay vælges fra listen. Vælg "Set sample ID's" i bunden af skærmen og alle rekvisitions nr på prøverne indtastes.
Automatisk: vælg "open" (knappen med en mappe på højre side af pladen) inporter en CAR fil (tekst fil) som er genereret på forhånd ved at benytte det lille program "CAR imput template" under skabelon mappen på p-drev.
Det er muligt at aflæse flere assays på en gang. De forskellige assays vil være symboliseret ved forskellige farver på oversigtsbilledet.
Efter assay er valgt og sample ID's er indtastet (eller indlæst) kan man benytte pilen fremad og der vises en "working list". Her er det muligt at tjekke om der er valgt korrekt assay samt om alle sample ID's er korrekte. Hvis ikke brug pilen tilbage og ret det. Hvis alt er korrekt trykkes "start run". Readeren skal åbnes og pladen med arrays kan sættes i maskinen til aflæsning.
Aflæsning:
aflæsningen starter automatisk når pladen med arrays er sat i readeren og readeren er lukket. Man kan følge status på aflæsningen på skærmen. Et farveskift i brønden på skærmen indikerer hvor i processen den pågældende brønd er.
Gul: Prøver der endnu ikke er aflæst/analyseret.
Rød: Prøver der skal reanalyseres (ofte grundet "Grid alignment fail").
Grøn: Prøver der er analyseret.
Når aflæsningen er færdig, fjernes pladen ved at trykke "open". Readeren åbnes og pladen med arrays tages ud.
Alle brønde burde være blevet grønne under aflæsning men er nogle af disse i stedet røde skal disse reanalyseret inden den endelige rapport genereres.
Reanalysering: Tryk på den røde brønd. Et nyt billede åbnes og man får mulighed for at reanalysere prøven. "grid" flyttes (med en finger på skærmen) så det passer over alignment spots. Herefter "godkendes" reanalyseringen.
Efter endt analysering vises tre knapper på skærmen. Knappen til højre vil åbne "Run report" der viser alle resultaterne. Knappen til venstre bruges til eksport af alle resultater. Alle resultater skal gemmes på p-drevet i deres respektive mapper.

Ansvar og organisering
Skulle der være større nedbrud på readeren kontaktes Genomica.

Referencer, lovgivning og faglig evidens samt links hertil

Bilag
ManualCAR_EnglishV8July2015CLEIS..pdf