Metronidazol har været mistænkt for teratogen effekt. En nyere metaanalyse konkluderer dog at der ikke er teratogen effekt, og det kan anvendes under graviditet. Der er ikke påvist teratogen effekt af penicilliner, cefalosporiner, carbapenemer, erythromycin eller aminoglycosider. Fluorquinoloner og tetracykliner er teratogene. For et flertal af stofferne gælder at der kun er begrænset erfaringsgrundlag for behandling af gravide. De bør kun anvendes til gravide på tvingende indikation