Målgrupper og anvendelsesområdeDefinitionerFremgangsmådeAnsvar og organiseringReferencer, lovgivning og faglig evidens samt links hertilBilag
Målgrupper og anvendelsesområde
Bioanalytikere og molekylærbiologer i molekylærlaboratoriet.
Skæring af FFPE væv til molekylær analyser foretages altid af en bioanalytiker tilknyttet molekylær laboratoriet.
FFPE væv skæres på baggrund af patologens ønsker om en molekylær analyse der foretages internt på afdelingen.
Formålet er at mindske kontamineringsrisiko samt sikre en ensartet procedure ved skæring af formalinfikseret, paraffinindstøbt (FFPE) væv til PCR.
Fremgangsmåde
Sikkerhed:
FFPE væv skæres af bioanalytikere tilknyttet molekylær laboratoriet på den dertil indrettede skræreplads i mol lab.
Der arbejdes med kittel. Handsker bruges ved rengøring med DNA away. Almindelig forsigtighed udvises i forhold til knivbladet på mikrotomen.
Skæres arbejdsplads skal altid benyttes for korrekt skæring
Fremfinding af bestillinger:
Der dannes en oversigt i Patologisystemet over hvilke blokke der er bestilt molekylære analyser på.
- "Oversigt/klarmeld" åbnes i patologi systemet. Dette findes under "dagligt funkt."
- Sæt parametrene som følger:
- Niveau: Glas
- Farver: hpv,kras,braf,nras,msi,herpes,molrør,MLH1MET+ (skrives uden mellemrum)
- Status: MODT-SUPTG
- Vælg "Dan oversigt"
-
Glas der står i ”OK”, OK-X”, ”X” eller ingenting er nye bestillinger der skal laves. Fjern alle andre fra oversigten.
-
Status ændres til OK. Der udprintes to etiketter pr. prøve (med undtagelse af KRAS, BRAF og NRAS hvor der kun skal bruges en). En til skæring af snit (sættes på et eppendorfrør) og den anden etikette anvendes til den færdig ekstraherede prøve (afleveres med prøverne i mol lab).
-
Alle glas markeres og ”Niveau” skiftes til "Blok". Marker igen alle og skift ”Niveau” tilbage til "Glas". Er der andre ekstrabestillinger (IHC, HE eller special farvning) på samme blok printes etiketter til disse. Alle bestillinger på samme blok skæres i molekylær laboratoriet. Evt kontroller til IHC hentes i Immunlab.
- Blokke findes frem i arkivet og lægges på køl inden skæring.
Rengøring af mikrotom før start:
For at minimere kontamineringsrisiko rengøres rotationsmikrotomen grundigt inden man starter skæring.
Hver gang man starter på en ny omgang skæring rengøres hele mikrotomet samt perkepind/syl med cellestof med DNA AWAY. Herefter tørres alt efter med cellstof med 70% ethanol.
Skære procedure for HPV, HERPES, MOLRØR:
OBS: Ved små vævsstykker kan patologen vurderer at vævet evt. skal standses. Dette vil stå i ”interne noter”, eventuelle noter på en bestilling er derfor vigtigt at læse.
OBS: Hvis der er bestilt HPV og HERPES på samme blok skal der kun skæres et rør, dog skal begge etiketter sættes på.
- Inden man starter sikres det at mikrotomen er ren fra tidligere skæringer.
- Skærens arbejdsplads skal benyttes ved alle skæringer.
- Blok ridses med perkepinden omkring vævsområdet for at mindske paraffinmængden og lægges evt. tilbage på køl .
- Antal snit vurderes ud fra vævets størrelse. Der skæres altid på 10 µm.
- Nyt knivblad isættes/knivblad flyttes.
- Scan blok og eppendorfrør (1,5 ml eppendorfrør med label fra patologi systemet) og sæt blok i holderen.
- Snit skæres og overføres til det tilhørende eppendorfrør ved hjælp af perkepind eller engangstræpind. Rør lukkes grundigt.
- Hvis disse snit ikke bruges til analyse umiddelbart efter skal de opbevares på køl.
- Alle ekstrabestillinger skæres herefter. IHC og HE glas afleveres til ”skæreren” i Immunlab.
Der rengøres igen mellem HVER blok med 70% ethanol!
Skære procedure for KRAS, BRAF, NRAS, MSI:
OBS: Ved små vævsstykker kan patologen vurderer at vævet evt. skal standses. Dette vil stå i ”interne noter”, eventuelle noter på en bestilling er derfor vigtigt at læse.
OBS: I langt de fleste tilfælde bliver KRAS, BRAF og NRAS altid bestilt sammen, men det kan ske at BRAF bestilles alene.
En RAS bestilling indeholder oftest følgende glas; KRAS, BRAS, NRAS, (evt MSI), KRASHE. Disse skæres altid i den rækkefølge de er bestilt. Da BRAF og NRAS laves på samme materiale skæres der kun til et rør.
- Inden man starter sikres det at mikrotomen er ren fra tidligere skæringer.
- Skærens arbejdsplads skal benyttes ved alle skæringer.
- Det markerede HE snit fra patologen findes.
- Blok ridses med perkepinden omkring det markerede vævsområde. Til RAS analysen ridses kun det markerede område i henhold til det tilhørende HE-objektglas.
- Til KRAS, BRAF/NRAS, MSI bruges 2 ml eppendorf rør med label.
- Antal snit vurderes ud fra vævets størrelse samt tumor procent. Der skæres altid på 10 µm.
- Normal procedure
- Resektat RAS/MSI; 1 snit
- biopsi RAS/MSI; 2 snit
- Normal procedure
- Nyt knivblad isættes/knivblad flyttes.
- Scan blok og eppendorfrør (2ml eppendorfrør med label fra patologi systemet) og sæt blok i holderen.
- Snit skæres og overføres til det tilhørende eppendorfrør ved hjælp af perkepind eller engangstræpind. Rør lukkes grundigt.
- Rør til Idylla analyse (KRAS, BRAF/NRAS, MSI) sætte i det mærkede rack.
- Hvis disse snit/rør ikke bruges umiddelbart efter til analyse skal de opbevares på køl.
- Efter PCR snit skæres yderligere et snit med en tykkelse på 2 µm til HE farvning (KRASHE). HE glasset sættes i farvemaskinen.
- Alle ekstrabestillinger skæres herefter. IHC og HE glas afleveres til ”skæreren” i Immunlab.
- Blok fjernes.
Der rengøres igen mellem HVER blok med 70% ethanol!
Skære procedure for MLH1MET+:
OBS: Ved små vævsstykker kan patologen vurderer at vævet evt. skal standses. Dette vil stå i ”interne noter”, eventuelle noter på en bestilling er derfor vigtigt at læse.
- Inden man starter sikres det at mikrotomen er ren fra tidligere skæringer.
- Skærens arbejdsplads skal benyttes ved alle skæringer.
- Det markerede HE snit fra patologen findes.
- Blok ridses med perkepinden omkring det markerede vævsområde. Til methylerings analysen ridses kun det markerede område i henhold til det tilhørende HE-objektglas.
- Til analysen bruges 1,5 ml eppendorf rør med label.
- Antal snit vurderes ud fra vævets størrelse samt tumor procent. Der skæres altid på 10 µm.
- Nyt knivblad isættes/knivblad flyttes.
- Scan blok og eppendorfrør (1,5 ml eppendorfrør med label fra patologi systemet) og sæt blok i holderen.
- Snit skæres og overføres til det tilhørende eppendorfrør ved hjælp af perkepind eller engangstræpind. Rør lukkes grundigt.
- Hvis disse snit/rør ikke bruges umiddelbart efter til analyse skal de opbevares på køl.
- Efter PCR snit skæres yderligere et snit med en tykkelse på 2 µm til HE farvning (MLH1HE). HE glasset sættes i farvemaskinen.
- Blok fjernes.
Der rengøres igen mellem HVER blok med 70% ethanol!
Rengørings procedure imellem skæringer:
- Rotationsmikrotomen rengøres ved at fjerne alle paraffinrester med en støvsuger og tørre overflader grundigt med 70% ethanol.
- Knivholder og blokholder aftørres med cellstof med 70% ethanol. Perkepinden aftørres ligeledes.
