Målgrupper og anvendelsesområdeDefinitionerFremgangsmådeAnsvar og organiseringReferencer, lovgivning og faglig evidens samt links hertilBilag
Målgrupper og anvendelsesområde
Laboratoriepersonale i molekylærlaboratoriet, anvendes til mutationsanalyse på FFPE væv.
Idylla tester for definerede mutationer i KRAS, BRAF og NRAS generne. MSI analyse kan også udføres på Idylla platformen. Kurver og specifikke mutationer kan analyseres ved brug af Idylla Visualizer.
Fremgangsmåde
Sikkerhed:
FFPE væv til analysen skæres af mol lab skærene på den dertil indrettede skræreplads i mol lab.
Opsætning af Idylla analysen; Der arbejdes med kittel og handsker.
Indholdsfortegnelse
- Formål
- Teori
- Reference
- Fremgangsmåde
- Rengøring
- Anden vedligeholdelse
- Idylla Visualizer
1. Formål:
Idylla analysen fra Biocartridge er et fuld automatisk, Real-time PCR baseret molekylær diagnostisk system designet til at teste for mutationer i bl.a. KARS, BRAF og NRAS generne. Systemet bruges ligeledes til at teste for MSI. RAS og MSI analysen udføres ens.
2. Teori:
Analysen er fuldautomatisk og processen foregår i en lukket cartridge.
Analysen består af følgende steps;
- Liquefaction
- Da Idylla er et "fluid-handling system" er det nødvendigt at "liquefied" FFPE væv så prøven kommer på væskeform og kan homogenizeres inden analyse.
- Cell Lysis
- lyseringsprocessen er vigtig for at frigøre target DNA.
- DNA extraction
- DNA ekstraktionen fjerner eventuelle inhibitorer
- Real-Time PCR amplification and detection
- Idylla er et høj sensitivt assay der tillader detektion af selv små mængder target i en baggrund af andre DNA molekyler.
- Data Analysis and reporting
- Efter hver kørsel laves der automatisk en rapport med resultaterne
3. Reference:
4. Fremgangsmåde:
FFPE væv til Idylla analtses skæres af bioanalytikere tilknyttet molekylær laboratoriet.
Bestillingerne findes via søgning i Patologi Systemet og skæres efter forskriften PCR skæring af FFPE. Mængden af væv bestemmes ud fra antallet af tumorceller i vævet og størrelsen på området. Patologen markerer det tumorområde der ønskes undersøgt på et HE glas ved bestilling.
- Vælg en ny analyse på Idylla platformen
- Scan Pato ID på røret med FFPE prøven (Der er et rør til KRAS, et til BRAF/NRAS og et til MSI analyse)
- Scan cartridge. Man vælger cartridge efter hvilke mutationer der ønskes undersøgt for. KRAS og MSI analyseres alene i hver deres cartridge mens BRAF og NRAS analyseres i samme cartridge.
- Fremstilling af FFPE "sandwich". For at FFPE vævet bedst kan placeres i en cartridge skal der fremstilles en "sandwich" af to stykker fugtet filterpapir med FFPE vævet placeret mellem disse filtre. Det er hele denne "sandwich" der senere placeres i en cartridge til analyse.
- "Sandwich" med FFPE materialet placeres i cartridge og denne lukkes.
- Cartridge placeres i maskinen og analysen startes
- Efter endt analyse kan rapporten ses på skærmen ved at trykke på den aktuelle analyse. En PDF rapport printes og gemmes også elektronisk under afdelingens p-drev under Molekylær Patologi Laboratorium - MPL Rutiner - Idylla
- Svar afgives i Patologi systemet. Man anvender molekylær modulet til disse besvarelser. Se evt Quick guide til besvarelse og oversigt over mutationer.
5. Rengøring:
Ved behov tøres overflader på maskinerne.
6. Anden vedligeholdelse:
Det er nødvendigt at køre en "self test" for at teste alt fungerer som det skal. Dette skal kun gøres når software beder om det.
7. Idylla Visualizer:
Computerprogrammet Idylla Visulizer kan benyttes til at analysere PCR-kurver samt bestemme specifikke genmutationer. Pt. benyttes dette software mest til sub analyse af BRAF V600 mutationer, da det er vigtigt at bestemme om mutationen er f.eks en V600E eller V600D mutation.
Efter endt analyse at cartridge på Idylla platformen vælges "Export Assay Logs" og filerne eksporteres til et usb stik. Programmet My Idylla åbnes på en PC og man vælger Idylla Visualizer. Importer filen fra usb stik. Under søjlen "Curves" vælges View. Det er vigtigt at man besnytter indstillingerne "Show Only Target Detected" samt "Show Only Valid Curves" (se billede)
Specifikke genmutationer kan aflæses på kurverne og under Targets.
