BD COR

Målgruppe: Bioanalytikere, videnskabeligt personale, assistenter og molekylærbiologer der arbejder med BD COR instrumentet.

BD COR analyseplatformen består af et PX og et GX modul. Kan også være bygget op af et PX og to GX moduler eller et PX, et GX og et MX.

BD COR PX/GX-systemet er beregnet til at udføre BD Onclarity HPV analyse fra BD Onclarity HPV diluent tubes (M-tubes), BD SurePath vials eller ThinPrep PreservCyt vials. PX modulet klargør prøverne ved at udføre de relevante præanalytiske behandlingstrin og automatisk overføre prøverne til GX modulet til analyse. GX modulet udfører de analytiske trin i BD Onclarity HPV analysen, herunder DNA ekstraktion, PCR amplifikation og analyse af PCR resultaterne.

Tilbage til top

Når der arbejdes med BD COR arbejdes der altid iført uniform.

Handsker benyttes ALTID når;

• et rack loades i PX modulet.
• GX modulet fyldes op med reagenser eller tips.
• når PX og GX modulerne tømmes for affald.
• når der arbejdes inde i et af modulerne.

Åbnes et af modulerne (for at sætte reagent trough ind, tømme affald etc) SKAL man bruge handsker.

Når der unloades racks fra PX modulet er det tilladt ikke at benytte handsker. Disse prøver er færdigbehandlet og racks skal rengøres inden de igen benyttes i COR.

Handsker bæres for at beskytte prøver/reagenser/maskinen mod overførsel af DNA.

Er COR'en slukket er det vigtigt at GX modulet tændes før PX modulet.

Følges dette ikke, startes COR'en ikke korrekt op og analyser kan ikke udføres.

 

For korrekt opstart af BD COR systemet kan nedenstående følges.

Tilbage til top

PX modulet består bl.a. af et område til afpippetering af SuperPath vials også kaldet alikoteringsområdet (2), vortex mixere til prøverør (10), pre-warm stationer (11) og shuttels til overførsel af prøver til GX modulet (12). Den nederste del af modulet er indrettet til prøvehotel, dilluent flasker og affald. 

GX modulet består bl.a. af skuffer til tips og DNA ekstraktion (1+2), to reagens kar (4), Sealer til PCR plader (3) og 2 PCR maskiner (8). Den nederste del af modulet indeholder både væske og plast affald.

Betjening af COR:

På AIO-skærmen (All-In-One) vises alle de oplysninger, man skal bruge til at betjene systemet og se instrumentets status. For at kunne bruge AIO-skærmen skal der logges ind med password.

Når man er logget ind vises BD COR systemets statusskærm på AIO'en.

På denne oversigt ses status for PX og GX modulet. Oversigten viser de forbrugsmaterialer/reagenser, der er loaded på modulet allerede. Er baren blå er der nok forbrugsmaterialer/reagenser på modulet. Gul farve indikerer at der kun lige er nok til det prøveantal der samtidig er loaded på modulet, mens rød farve betyder at der skal påfyldes forbrugsvarer/reagenser inden yderligere prøver kan præprocesseres. I bunden af oversigten vises bl.a. hvor mange åbne "slots" der er i prøvehotellet, samt hvor mange prøver der er med fejl (prøver der ikke kan præprocesseres).

Er det nødvendigt at sætte forbrugsmaterialer/reagenser på eller tømme affald, vælges Utillities (nederste højre hjørne) for at kunne stoppe og åbne det relevante modul. Dette gøres i bunden af fanen under "instrument mode". Skal der skiftes dilluent flasker på PX eller tømmes affald kan modulet "pauses" og herefter åbnes ved at trykke Unlock. Skal GX modulet åbnes for at tømme affald eller for at isætte nye reagenser skal dette modul "pauses" eller bringes Offline før det kan åbnes. Brug "pause funktionen" hvor det er muligt frem for at bringe systemet Offline. 

Både PX og GX modulet er udstyret med udvendigt lys der indikerer driftstilstanden (se nedenstående skema)

Tip skuffen samt ekstraktions skufferne på GX modulet er ligeledes udstyret med lys der indikerer driftsstatus (se nedenstående skema).

 

Proces status:

Følgende oplysninger for PX vises i panelet Rack Storage på status skærmen:

1. 1. • Antal racks, der er blevet afpippetteret og er tilgængelige til udtagning
      • Antal racks med prøver (P-, eller S-racks), der afventer registrering/præprocessering
      • Antal racks der er i brug
      • Antal ledige pladser, i prøvehotellet
      • Antal tomme racks
      • Antal prøver med fejl

Følgende oplysninger for PX vises i fanen Inventory på status skærmen:

• Antal tips
• Antal MAT tubes
• Antal kontrolsæt
• Mængden af Diluent
• Status for waste

Hvis man vælger Accumulation fanen for PX på AIO-skærmen vises samlet antal prøver, der er klar til analyse, men afventer overførsel til GX modulet, samt antal prøver der er akkumuleret til et delvist prøvesæt til analyse.

 

Følgende oplysninger for GX vises i fanen Inventory på status skærmen:

• Status for tip skuffen og ekstraktions skufferne
• Status for reagens kar
• Status for solid og liquid waste

Hvis man vælger Accumulation fanen for PX på AIO-skærmen vises de igangværende trin i processen for hvert prøvesæt i GX modulet samt ca tid til alt igangværende arbejde i GX modulet er afsluttet.

 

Prøver til analyse:

COR'en kan håndtere følgende prøverør; SurePath vials, ThinPrep vials, visse hjemmetest tubes samt HPV LBC Dilluent tubes (M-tubes). Disse skal mærkes med label fra patosystemet. Label kan være printet på rekv., prøve eller glas niveau.

 

Start af analyse:

1. 1. PX og GX modulerne skal være online.
   2. Kontrollér, at PX og GX har forbrugsmaterialer nok til at anlysere et prøvesæt.

 

Forbrugsmaterialer og reagenser:

For at PX modulet kan præprocessere prøver skal denne være fyldt på med Tips, kontroller (pos og neg), MAT tubes og Dilluent. GX modulet skal bruge tips, reagent trough samt en fyldt extraktions skuffe for hvert prøvesæt (tips, ekstraction tubes og PCR plade).

For opfyldning og håndtering af reagenser henvises til BD User's Manual.

1.  

Load racks:

Indikatoren RACK PORT READY (loading station klar) skal være vist i bunden af skærmen. Rack port lyset er konstant blåt for at angive, at racks kan sættes ind. Sæt rack ind med etiketten udad. Lyset blinker blåt, mens stregkoden på rack scannes og rack føres ind i PX modulet. Når lyset skifter til konstant blåt, sættes det næste rack ind. Man må ikke flytte/rykke på et rack når først det er sat ind i rack porten.

Racks sættes ind i følgende rækkefølge;

• HPV Kontroller (C rack), hvis de er nødvendige
• Pipettespidser (A rack fyldt med spidser), hvis de er nødvendige
• MAT-tubes (P rack). VIGTIGT; På menuen i bunden vælges Load Empty Tubes  for at indsætte tomme tubes MAT-tubes (altid i P rack). Disse bruges i forbindelse med SurePath vials. Hvis der loades flere P racks med MAT tubes skal der trykkes HVER GANG et nyt rack loades og dette må først loades når dialog boksen vises.
• 

Følgende diaglog boks skal vises inden MAT tubes må loades.

• Prøver. SurePath (S rack)

​​​​​Mens racks loades vil PX modulet starte præprocessering af prøver. Når 30 prøver er klar til analyse (et prøvesæt) overføres disse til pre-warm stationen, herefter cooleren og sidst til shuttels inden sættet overføres til GX modulet hvor DNA ekstratkionen udføres.

 

Visning af Error Samples:

Billedet Error Samples indeholder en liste med prøver, der ikke havde et validt resultat. Prøverne på denne liste havde en processmæssig eller analytisk fejl.

Error saples skal unloades fra modulet og alt efter fejlen kan de evt genkøres. Når de er unloaded kan de fjernes fra oversigten.

 

Unload racks:

BEMÆRK: 

BD COR vil automatisk tage tomme tips-racks ud samt tomme kontrolracks (c rack). Rack port lyset er hvidt, når et rack, der tages ud automatisk, er klar til at blive fjernet fra PX modulet.

 

• På menuen i bunden af skærmen vælges Unload Racks. Et popup vindue viser alle racks i PX modulet. Det lille tal i øverste hjørne af hver knap viser hvor mange racks der er klar til at blive taget ud.

 

• Vælg mellem følgende racks:
  • Errors: Racks der indeholder en eller flere prøver med fejl.
  • Processed: Racks hvor prøverne er færdig processeret på PX (analysen behøver dog ikke være færdig)
  • Test Completed: Racks hvor prøverne er færdig analyseret med svar
  • Test Completed with errors: Racks hvor prøverne er færdig analyseret men med fejl i svar
  • Unprocessed: Racks hvor alikvoteringen eller analysen ikke er startet
  • Tips: tip rack (A rack)
  • Controls: C racks der indeholder kontroller
  • Molecular Tubes (MAT tubes): Racks der indeholder tomme tubes
  • Empty: Tomme racks
  • Cancel Unload afbryder udtagningen af racks.

Mens den valgte racktype unloades/tages ud, blinker rack port lyset blåt, og status viser Rack Ejecting.

• Når rack port lyset er hvidt, og status viser Remove Rack, fjernes rack. Et popup vindue vises, hvor oplysninger om prøver og placeringer er angivet. De røde er HPV positive prøver, de blå HPV negative eller prøver der endnu ikke er færdig analyseret. Se evt nedenstående eksempel.

 

Rapporter:

For hvert kørt prøvesæt afgiver COR en pdf rapport med svar. Rapporten indeholder både genotype svar samt ct-værdier. Download af rapporter foregår altid fra "Remote work station" (PC på bordet). 

Download af rapporter:

• Vælg Synapse på skrivebordet på PC'en
• Login (samme login som COR)
• Vælg fanen BD COR 1 eller BD COR 2
• Vælg Utillities
• Vælg Export
• Vælg de filer der ønskes eksporteret
• Tryk Export

Filerne downloades til folderen Downloads og skal herefter flyttes til et usb stik for at blive printet på en anden pc og gemt på p drevet. 

Det er vigtigt at alle files bliver gemt på p drev som backup.

 

 

Tilbage til top

Rengøringsprocedurerne for COR kan opdelt i daglig, ugentligt og månedligt rengøring. Under alt rengøring skal der bæres handsker.

Alle overflader skal rengøres med enten DNA AWAY eller 3% hydrogenperoxid efterfulgt af deminiraliseret vand.

Til AIO'en benyttes 70% ethanol som eneste tilladte rengøringsmiddel.

Basket i Alikoteringsområdet rengøres med Isopropyl Alkohol servietter efterfulgt af Alkohol servietter (grønne alkohol servietter) 

Der bruges altid fnugfrie klude.

 

• Vælg Utilities > Instrument Prep. Her findes oversigten over rengøring.

• Vælg den relevante fane for opgavegruppen for at få vist opgaverne ved daglig, ugentlig eller månedlig vedligeholdelse.
• Vælg de gennemførte opgaver.
• Vælg Confirm Tasks for at registrere, at de er udført
• Indtil det er muligt at trække en liste over udførte opgaver fra COR skal dette registreres på et log ark i laboratoriet.

 

Daglig rengøring:

• Rengør AIO'en med 70% ethanol (husk at låse skærmen inden).
• Rengør udvendige overflader på PX med DNA AWAY efterfulgt af vand.
• Rengør udvendige overflader på GX med DNA AWAY efterfulgt af vand.
• Alle brugte racks rengøres med DNA AWAY efterfulgt af vand dagligt efter brug.

 

Ugentligt rengøring:

Da der hver uge skal foretages en "Power cycle" (genstart) af COR kan rengøringsprocedurer der kræver adgang til maskinen med fordel udføres mens den er slukket.

PX

Under ugentligt rengøring skal PX modulet være i pause mode eller offline, da dørene skal åbnes så PX modulet kan rengøres indvendigt.

• Lav en "Power cycle" (genstart af COR) Se hvordan under punktet Nedlukning af COR. Man kan med fordel udføre flere af nedenstående punkter mens COR er slukket. Det er vigtigt at Nedlukningsprocedurene følges nøje for at sikre driften af COR.
• Fjern shuttels fra PX. Disse rengøres med 1% chloramin, skyldes grundtigt med vand og lufttørres.
• Rengør Alikoteringsområdet (nr 2 på oversigten) med DNA AWAY efterfulgt af vand. Aftør "gripper armene" til prøver.
• Basket i Alikoteringsområdet rengøres med Isopropyl Alkohol servietter efterfulgt af Alkohol servietter (grønne alkohol servietter).
• Rengør AIO'en med 70% ethanol (husk at låse skærmen inden).
• Rengør udvendige overflader på PX med DNA AWAY efterfulgt af vand.
• Alle brugte racks rengøres med DNA AWAY efterfulgt af vand dagligt efter brug.

GX

Under ugentligt rengøring skal GX modulet være i pause mode eller offline, da dørene skal åbnes så GX modulet kan rengøres indvendigt. Alt rengørring af skuffer sker med DNA AWAY efterfulgt af vand.

• Rengør Shuttel transporter 
• Rengør Deck Touchpoints
• Åben og rengør hver ekstraktions skuffe. Er der "fnuller" i bunden støvuges disse.
• Åben og rengør tip skuffen
• Rengør udvendige overflader på GX med DNA AWAY efterfulgt af vand.

 

 

Månedlig rengøring:

Da der skal foretages en "Power cycle" (genstart) af COR kan rengøringsprocedurer der kræver adgang til maskinen med fordel udføres mens den er slukket.

PX

Under månedlig rengøring skal PX modulet være i pause mode eller offline, da dørene skal åbnes så PX modulet kan rengøres indvendigt. 

• Lav en "Power cycle" (genstart af COR) Se hvordan under punktet Nedlukning af COR. Man kan med fordel udføre flere af nedenstående punkter mens COR er slukket. Det er vigtigt at Nedlukningsprocedurene følges nøje for at sikre driften af COR.
• Fjern shuttels fra PX. Disse rengøres med 1% chloramin, skylles grundtigt med vand og lufttørres.
• Rengør alle tilgængelige overflader inde i PX, startende bagfra, med DNA AWAY efterfulgt af vand. 
• Rengør Alikoteringsområdet (nr 2 på oversigten) med DNA AWAY efterfulgt af vand. Aftør "gripper armene" om nødvendigt.
• Basket i Alikoteringsområdet rengøres med Isopropyl Alkohol servietter efterfulgt af Alkohol servietter (grønne alkohol servietter).
• Rengør AIO'en med 70% ethanol (husk at låse skærmen inden).
• Rengør udvendige overflader på PX med DNA AWAY efterfulgt af vand.
• Alle brugte racks rengøres med DNA AWAY efterfulgt af vand dagligt efter brug.

 

GX

Under månedlig rengøring skal GX modulet være i pause mode eller offline, da dørene skal åbnes så GX modulet kan rengøres indvendigt. Alt rengøring af skuffer sker med DNA AWAY efterfulgt af vand.

• Rengør Shuttel transporter 
• Rengør Deck Touchpoints
• Åben og rengør hver ekstraktions skuffe. Er der "fnuller" i bunden støvuges disse.
• Åben og rengør tip skuffen
• Rengør udvendige overflader på GX med DNA AWAY efterfulgt af vand.

 

Ud over alle de skemasatte punkter til rengøring findes der yderligere punkter der udføres "as needed". Disse ses alle under Utilities > Instrument Prep. Er der tvivl om disse punkter kontaktes fagkoordinator. For yderligere informationer omkring vedligeholdelse henvises til BD User Manual.

Tilbage til top

BD anbefaler, at systemet er tændt hele tiden med undtagelse af ved visse vedligeholdelsesprocedurer. Hvis det er nødvendigt at lukke systemet ned, udføres følgende trin:

• Sluk strømkontakten til GX modulet.
• Sluk strømkontakten til PX modulet.
• AIO'en får strøm fra PX modulet. Vent i tilstrækkelig lang tid, til strømmen er koblet fra AIO'en. Dette kan tage op til flere minutter, efter at PX er slået fra. Kig på lysdioderne på PC'en inde i PX.
• Systemet er først helt lukket ned, når AIO'en er lukket og lysdioderne på PC'en inden i PX er slukkede .

For korrekt opstart er det vigtigt at følge nedenstående ellers mister PX modulet kontakten med GX.

Ved nedbrud på et eller begge moduler kontaktes altid fagkoordinator (###NAVN###). Er fagkoordinator ikke tilstede kontaktes BD service (###NAVN###). For yderligere informationer omkring nedbrud henvises til BD User Manual.

Nedenstående guide kan benyttes til at løse simple problemer

Tips ved nedbrud.pdf

Bortskaffelse af affald i PX (altid med handsker)

• Under fjernelse af affald skal status for PX være  i "pause mode" eller Stopped.
• Vælg Unlock i panelet PX under Instrument Mode.
• Åbn de nederste døre, og tag affaldsbeholderen ud.
• Fjern posen og placer den i en kasse indrettet til biologisk affald.
• Sæt en ny pose på affaldsbeholderen.
• Sæt beholderen tilbage i PX modulet.
• Luk de nederste døre.
• Vælg Instrument Prep på AIO'en.
• Vælg Empty Solid Waste i afsnittet As Needed.
• Vælg Confirm Tasks for at registrere bortskaffelsen af affald i PX.

BEMÆRK

Posen skal ligge helt ud mod boksens sider for at undgå, at der kommer luft ind mellem pose og boks.

 

Bortskaffelse af affald i GX (altid med handsker)

Bortskaffelse af plastaffald

• Under fjernelse af affald skal status for GX være i "pause mode" eller Stopped.
• Vælg Unlock i panelet GX under Instrument Mode.
• Åbn de nederste døre, og tag affaldsbeholderen ud.
• Fjern posen og placer den i en kasse indrettet til biologisk affald.
• Sæt en ny pose på affaldsbeholderen.
• Sæt beholderen tilbage i GX modulet så den gule linje i bunden er synlig.
• Luk de nederste døre.
• Vælg Instrument Prep på AIO'en.
• Vælg Empty Solid Waste i afsnittet As Needed.
• Vælg Confirm Tasks for at registrere bortskaffelsen af fast affald i GX.

BEMÆRK

Posen skal ligge helt ud mod boksens sider for at undgå, at der kommer luft ind mellem pose og boks.

 

Bortskaffelse af væskeaffald (altid med handsker)

• Under fjernelse af affald skal status for GX være i "pause mode" eller Stopped.
• Vælg Unlock i panelet GX under Instrument Mode.
• Åbn den nederste dør til venstre.
• Koble væskeslangen fra dunken til væskeaffald.
• Anbring væskeslangen i holderen til højre for dunken og fjern dunken fra GX modulet.
• Væskeaffald bortskaffes i kemikalietanken.​​​
• Rendør dunken men chloramin opløsning der skal stå i mindst 30 minutter for at neutralisere eventuelt resterende biologisk materiale.
• Skyld derefter dunken i vand.
• Lad affaldsdunken stå og tørre med bunden i vejret på absorberende materiale, inden den bruges igen.

 

• Klargør en dunk til væskeaffald ved at tilføje to neutraliseringsposer til en ren, tør dunk til væskeaffald til GX.
• Anbring den rene, tørre affaldsdunk i GX modulet.
• Kobl affaldsslangen til ved at trykke frakoblingen nedad, indtil du hører et klik. Træk derefter koblingen opad for at sikre, at koblingen holdes på plads.
• Luk den nederste dør.
• Vælg Instrument Prep på AIO'en.
• Vælg Empty Liquid Waste i afsnittet As Needed.
• Vælg Confirm Tasks for at registrere bortskaffelsen af væskeaffald i GX.

 

Tilbage til top

Enviromental monitorering udføres for at overvåge om der sker kontaminering af DNA i laboratoriet. Denne proceture udføres med den hyppighed, der er angivet i laboratoriets retningslinjer.

1. Til hvert område, der skal testes, skal der bruges en steril podepind med bomuldsspids eller syntetisk spids og et HPV diluent tube.
2. Sæt en etiket på hver tube.
3. Dyp podepinden i nukleasefrit vand, og pod fra det ønskede området.
4. Tryk det opsamlede materiale af podepinden i diluent tuben, og bortskaf derefter podepinden som biologisk farligt affald.
5. Gentag proceduren for hvert område, der skal overvåges.
6. Sæt tubes ind i et P rack, load racket på COR og start et prøvesæt. 
7. Registrer miljøovervågningsdata i henhold til laboratoriets procedure.

 

Steder der skal podes fra:

###TABEL_1###

 

Da BD Onclarity analysen reagerer med fragmenter af human beta-globin-genet, vil et rent miljø resultere i en intern kontrolfejl fra podepindene. Human beta-globin- kontaminering indikeres af et negativt HR-resultat. HPV-miljøkontaminering indikeres af et positivt HR-resultat. 

 

BD COR User's Manual_L011486_EN.pdf

BD Onclarity HPV Assay for BD COR_443982_EN.pdf

COR Quickguide.doc

Rengørings log.doc

Tilbage til top