Ved behov for antibiotika af anden årsag inden for 6 måneder efter FMT/RBI skal man være opmærksom på valg af antibiotika og overveje forebyggende vancomycin (125 mg x 2) samtidig med den anden antibiotika og 7 dage efter. Efter de 6 måneder er der ikke behov for forebyggende behandling i forbindelse med anden antibiotika.